本题题干为种属关系。
第一步：分析题干
孤本是一种特殊的书籍，为种属关系。

第二步：分析选项
A选项：正方形是一种特殊的长方形，为种属关系，当选。

B选项：在土地上种蔬菜，为地点对应关系，排除。

C选项：实验室里有显微镜，为地点对应关系，排除。

D选项：有的礼物是商品，有的商品是礼物，为交叉关系，排除。

故本题选A。
【2019-联考/安徽-064】