本题题干为种属关系。
第一步：分析题干
木牛流马是三国时期蜀汉丞相诸葛亮发明的工具，目的是运送粮草，木牛流马是一种运输工具而不是交通工具。

第二步：分析选项
A选项：木牛流马和诸葛亮是工具和发明者的对应关系；番茄起源于厄瓜多尔，是蔬菜和原产地的对应关系，对应方式不一致，所以A错。

B选项：木牛流马属于运输工具，与交通工具无明显关系；番茄属于草本植物，为种属关系，前后关系不一致，与所以B错。

C选项：舟车船辇是古代四种交通工具，包含木牛流马，为种属关系；番茄含有维生素，为组成关系，前后关系不一致，所以C错。

D选项：木牛流马属于运输工具；樱桃番茄属于番茄，均为包含关系中的种属关系，前后关系一致，当选。

故本题选D。
【2015-吉林甲下-084】