本题为中国古代史常识。
A选项：设立西域都护府，公元前60年。郑成功收复台湾，明末清初，1662年。设立澎湖巡检司，元世祖至元十八年，1281年。所以A错。

B选项：《南京条约》签订于1842年。《辛丑条约》签订于1901年。《尼布楚条约》签订于1689年。所以B错。

C选项：王安石变法开始于1069年。岳飞抗金发生在1134年。靖康之难发生于1126年—1127年。所以C错。

D选项：黄巾起义开始于公元184年。黄巢起义开始于公元878年。太平天国运动发生于1851年—1864年，所以选D。

故本题选D。