本题题干为并列关系。
将选项依次代入题干。

A选项：疫苗可以用来杀死病毒，为功能对应关系；捕鲸船可以用来捕捉鲸鱼，为功能对应关系，但是前后词语顺序相反，排除。

B选项：病毒是微小的，为属性关系；鲸鱼是庞大的，为属性关系，但是前后词语顺序相反，排除。

C选项：医生消灭病毒，为主宾关系；渔夫捕捉鲸鱼，为主宾关系，但是前后词语顺序相反，排除。

D选项：病毒和细菌是两种不同的微生物，为并列关系；熊猫和鲸鱼是两种不同的哺乳动物，为并列关系，前后关系一致，当选。

故本题选D。
【2021-四川下-076】